>
因需要最大限度压缩IT预算,亚洲数十个学术和科研机构不约而同地选择了建立基于英特尔®架构的HPC集群或服务器,以便充分利用其高性价比的领先优势。最近实施部署的15个机构分别是墨尔本大学、昆士兰州并行超级计算机基金会(澳大利亚)、香港浸会大学、香港大学生物信息和应用生物技术学院、印度科学院超级计算教育研究中心、印度技术研究所、印度科学与工业研究中心、清华大学生物信息研究所、新加坡基因研究所、新加坡南洋理工大学、新加坡生物信息学院、国立新加坡大学超级计算与可视化科学系、以及新加坡MIT联合学校 、台湾高雄市政府生物信息网格网络。
清华大学在其信息科学与技术学院内成立了生物信息研究所。这是一所跨学科的研究所,人员和设施均来自该校生物系、技术科学系和自动化系。生物信息研究所的宗旨是使用基于最新英特尔至强处理器的集群系统从事尖端的生物信息研究,探索基因组排序/功能基因组表达等重大课题。清华大学高性能计算中心(参与了生物信息研究工作)主任, 计算机系教授郑纬民介绍说:“清华大学基于144路英特尔至强处理器的集群系统为我们提供了高性能和经济高效的解决方案,满足了生物信息研究的苛刻计算要求。借助英特尔软件工具和编译器,我们能够在英特尔架构集群系统上最大限度地发挥基因组排序算法的性能。”
IDC估计,公共和私人投资者将向该地区的生命科学市场投入500亿美元;到2006年,亚太地区的生物IT收入将达到26亿美元,复合年增长率高达46%。IDC亚太地区生命科学总监评价道:“我们看到目前亚洲存在两大趋势。首先,生命科学机构将高达50%的资本支出投入支持计划所必需的‘技术积累’,他们一直需要更强大的计算能力来加速新的发现。其次,我们看到由于这个方兴未艾的行业尝试从其‘资本支出’投资中获得最大回报,他们对于经济高效、工业标准的HPC平台产生越来越浓厚的兴趣。
英特尔亚太区解决方案事业部地区总监Jason Fedder先生今天在2003年BioITWorld香港年会上发表主题演讲时称:“生命科学行业对HPC强大计算能力不断增长的需求将成为未来10年计算创新的主要推动力量。我们期待使用基于英特尔®安腾®2、英特尔®至强™和英特尔®奔腾®4处理器的开放标准构建模块的英特尔架构集群和网格网络能够提供企业所需要的性能和经济性。”
2002年11月,英特尔曾经宣布正在将重点转向生命科学领域。Fedder先生同时介绍了英特尔如何提供集成HPC解决方案,包括平台架构、互连和网络构建模块、软件工具和库以及服务。
英特尔架构技术推动亚洲生命科学研究
最近至少有15个亚洲领先科研机构已经选择了英特尔架构HPC集群或服务器,并已经投入运行或计划投入运行,以帮助推进生命科学计划。这些机构参与了各种计划,从基因组排序、蛋白质合成和功能性基因学到中药项目。
香港浸会大学数学系教授Fred J Hickernell说:“购买运行Linux**的英特尔架构集群使我们获得了更强大的性能,我们还可以使用大量专门为这一环境开发的开发源代码软件。”该校在中药领域开展了多学科研究,包括中草药的鉴别和分类、以及草药的生物化学机制。这项研究需要进行持续的数据分析,戴尔**电脑公司为该系提供的基于英特尔®至强™处理器的新型双路服务器的64节点集群正好可以大显神通。
亚洲生物IT生态系统初露尖角
该项目由世界一流的学术小组领导,以海外研究所为依托,并得到了新一代专家级亚洲HPC解决方案提供商的大力支持。这些提供商中包括新加坡计算机系统的Linux评测中心和印度的CDC Linux。后者专门致力于为生命科学、计算流体动力学(CFD)及其它应用构建HPC解决方案。
日益流行的集群技术
集群技术正在风靡全球,同时在HPC部署的英特尔架构系统的数量也与日剧增。集群是一组相互联网的独立计算机,可以联合处理问题。在全球前500名超级计算机排名***上,以前全被基于RISC的专有超级计算机所包揽,三年前仅在其中占有两席之地的英特尔架构系统现在已达到了56款。
香港大学的Gideon 300集群在全球前500名超级计算机排名中位居第175,是亚太区第四大英特尔®架构超级计算机。Gideon集群由该大学的计算机科学与信息系统系(CSIS)用来执行不同的研究计划,包括涉及分子动态和N-人体模拟等的生命科学项目。
据CSIS负责人Francis Lau博士介绍:“在不到十年的时间里,计算机集群已发展成为解决复杂计算问题的最便捷、最经济高效的工具。首先它能够将足够的计算循环集中到一个池中;其次,它能够有效利用这些循环,充分发挥出集群的聚合能力。业界必须进一步强化研发工作,使集群性能更为卓越,以处理最艰巨的挑战。”
英特尔安腾处理器系列与网格计算:HPC新浪潮
在亚洲的15个组织中,至少有5个选择了全新的安腾架构系统。64位安腾处理器系列具有更出色的浮点性能、内存性能和大型数据集支持能力,能够充分满足科学研究人员的要求。几家领先的全球研究机构已开始部署安腾架构系统,包括美国国家超级计算应用中心(NCSA)、康奈尔理论中心和欧洲原子能研究组织(CERN)。NCSA目前正在部署基于安腾2架构系统的大型计算中心,不久即可完成10 teraflops(每秒一万亿次计算)集群的部署。
网格计算采用并扩展了HPC原理,将不同地点的台式机、集群和大型对称多处理(SMP)系统链接起来,使其变为一个单一的虚拟计算资源。英特尔目前正在参与亚太区的全新网格网络部署,包括新加坡生物医学网格网络和高雄市政府的生物信息网格网络。